安徽中医药大学图书馆于1959年建校时同时建立。2000年，原安徽省医药学校图书馆并入；2024年，加挂档案馆牌子，划入档案馆、校史馆、新安医学文化馆管理职责。少荃湖校区图书馆2019年11月正式开放，总建筑面积约4万余平方米，现设综合科、资源建设部、流通阅览部、古籍特藏部、技术保障部、信息咨询部、阅读推广部及档案科等部门。
馆内设有文学书库、医药卫生书库、自然社科书库、样本书库、二线书库（密集书库）等各类藏书空间，以及过期期刊、现刊、电子阅览等多个阅览区域，阅览座位2177席。经过六十余年的建设和发展，图书馆现已成为支撑学校教学、科研和医疗，促进中医药学术交流的图书情报信息中心，馆藏资源涵盖丰富的纸质文献与数字资源。目前拥有中文纸质图书127.27万册，电子图书280.48万册，电子期刊287余万册，学位论文1434余万册，中外文数据库37个。
2010年，图书馆建成国家标准化古籍书库，获批“全国古籍重点保护单位”，并建有国家标准化古籍修复室。现有各类古籍3.3万余册，其中中医药古籍是馆藏重点，共2万余册，占馆藏古籍总量的70%。据《中国中医古籍总目》统计，馆藏量位居全国前八。新安医学古籍为馆藏特色，现有新安古医籍300余种，占现存新安医籍总量的70%，为全国现存新安医籍最多的机构。2024年，图书馆入选“安徽省古籍修复技艺传习站”，同时还是中国古籍保护协会理事单位、全国中医药文化宣传教育基地组成部分、并获评“安徽省爱国主义教育基地”“安徽省档案工作一级管理单位”“安徽师范大学图书情报专硕实习实践基地”及“合肥市科普教育基地”。
依托丰富的文献信息资源和现代化传播手段，图书馆积极开展阅读推广、参考咨询、文献推送、论文查重、查收查引等信息服务，全力支持学校教学科研，服务广大师生。
作为学校的文献信息资源中心，图书馆是为人才培养与科学研究服务的学术性机构，也是学校教育信息化建设的重要组成部分。我们秉持“读者第一、服务育人”的宗旨，坚持以人为本的服务理念，认真履行教育职能与信息服务职能，持续在学校人才培养、科学研究、档案管理、社会服务与文化传承创新中发挥重要作用。
